《明末农民战争史》交稿后，立即开始了《南明史》的写作。由于在《明末农民战争史》前言里说明了要续写《南明史》作为“姐妹篇”，出版社也同意，并签订了合同，约定交稿时间。大约写了一半左右，中国社会科学出版社文史编辑室突然通知我，邓立群指示他们集中力量出版《当代中国》丛书，其他书一律推迟，南明史可以“慢慢写”。正好我早就对明代的卫所问题非常关心，既然《南明史》可以推迟交稿，集中一段时间来探讨卫所问题未尝不是个机会。于是，在教学之余把科研的重点放在卫所的问题上，继续搜集材料进行研究。从1986年起，先后在《中国社会@黄色小说 .56shuku./class12/1.html科学》、《历史研究》、《北京师范大学学报》上发表了四篇文章，题为《明前期耕地数新探》、《论明帝国的管理机制》、《谈明代的卫籍》、《卫所制度在清代的变革》。在这几篇文章里基本上描绘了我的看法。主要论点是：
一、明代的卫所并不像一般史学著作中描述的那样仅仅是明中期以前的一种军事制度，其特点可归纳为：1.它是明帝国建立的一种军事体系，长期承担帝国的军事职能；2.卫所在很大程度上是一种“地理单位”，就是说大多数卫所管辖着大小不等的土地，这些土地不归行政系统的布政使司、府、州、县管辖；正因为明代疆土分别归行政系统（六部--布政使司、直隶府、州-府、州-县）和军事系统（五军都督府--都指挥使司、行都指挥使司、直隶卫--卫、直属都司的千户所--千户所）分别管理，所以存在着两种“地理单位”。这两种“地理单位”都属于明帝国的版图，并且可以互相转换，即行政系统的府、州、县可以改为军事系统的卫、所；卫、所也可改为或划出一部分辖区归府、州、县。在明朝建立之初是把大批元朝设立行政机构的地方改为都司、卫、所；明中期以后特别是在清代则是把卫、所改为或并入府、州、县。我称之为“地理单位的可转换性”。
二、明太祖为了解决军队的自足自给问题，大力推行屯田，元末战乱之后出现大量荒田，卫所制度建立后，根据朱元璋的命令各卫军士按不同比例分拨屯田。卫所的耕地不仅包括军士的屯田，还包括划归卫所管辖的民户耕种的田地。这些耕地的数字不在户部管辖之下，所以《明实录》中绝大多数年份记载的“是年天下田地数”都没有包括卫所辖区的耕地数；换句话说这个数字只是十三布政使司和南、北直隶府、州的数字。根据这一基本论点，我就史学界长期讨论的明初耕地数提出了自己的看法。过去，日本史学家清水泰次教授在本世纪二十年代发表文章对明初洪武年间的耕地数作了研究，他认为洪武年间两种不同记载：《明太祖实录》中记载洪武十四年的耕地数为三百六十余万顷，洪武二十四年为三百八十余万顷：而洪武二十六年三月编成的《诸司职掌》却记载全国耕地数为八百四十九万余顷(有各布政司和直隶府、州分项数)，为什么会出现这两个相差一倍以上的“权威性”数字？清水先生认为《明太祖实录》里记载的只是田、地数，而不包括山地、湖荡滩涂地，而《诸司职掌》则包括了田、地、山、荡各种土地。所以才出现两种不同的统计数字。到四十年代，日本藤井宏教授经过查阅大量地方志，明代各地的耕地数都包括田、地、山、荡在内，并没有只统计水田和旱地的。</p>