明天启元年(天命六年，1621)三月后金军进驻辽东以后，努尔哈赤面临着截然不同的新形势，即在长期封建化的汉族地区，确立和巩固后金国的统治，因而必须解决新出现的许多难题。比如，辽河东西主要是汉族居住，不管是生产关系、政治制度、文化传统，还是生活方式、风俗习惯、服装发式，以及语言文字、相貌性格，与满族都截然不同，对他们怎样管辖，怎样剥削？满族人丁移居辽东后，怎样安置，是固守旧俗，还是改行汉制，或是另行他法？辽东及其附近，有相当多数量的蒙古部落，对他们采取什么样的方针和政策，满、蒙、汉之间的关系，是什么样的布局？辽东地区人丁大减，民不宁居，田地荒芜，社会混乱，怎样安定，怎样恢复？明廷大调兵马，广修城堡，抢运粮草，赶制火器甲仗刀箭，力图挽救辽东危局，守住宁远、锦州，确保山海关内安全，并屡派密使，潜入辽东州县，联络反金人员，策划武装反抗和大批外逃，以扰乱金国，牵制其兵力，进而伺机出兵，收复失地，此情此策，如何对付。
特别是辽东汉民的，不易查获叛逃密谋，也很难逼迫汉人纳粮贡赋当兵服役。在这样条件限制下，没有汉族地主阶级代表人物的支持，汗、贝勒是很难在辽东站稳脚跟的。努尔哈赤就曾专门召集汉官对他们说：“尔等之国人，可信者，不可靠者，尔等知之矣。”
努尔哈赤特别注意收罗和起用明朝的罪臣、废官及中下武将和官吏。他在六月初八日对督堂下达专谕，指示不用明朝大臣，而应擢用愿为金国效劳的小官小吏，因为，原系明朝大臣之人，“一向为官，不为我等效劳”，于金无益，而那些微员小吏偏裨末弁，以及罪臣闲官，或因少读诗书，唯图渔利，贪赃枉法，谋升官职；或是官场失利，打入狱中，心怀不满，因而有可能背叛旧君，投靠新汗，“归向我等”，“谄谀于我等，出其力，致其才”。所以，他任用的汉官，“一半在明朝时得获死罪，关在狱中，一半失去官职，一无所有，又皆战阵所获而养之也”。
努尔哈赤在给“明国众游击官”下达的汗谕中，对他们提出了四个方面的要求，一是责令降金汉官“勤守各种法令”，即贯彻执行要求阿哈耕田交谷、强迫汉民种地守法、纳粮当差、不得叛逃等等法令和汗谕。二要汉官“为汗之眼，观察众人；为汗之耳，用以听众，诸凡各事，皆详加督察。”即要他们侦察汉民对待汗、贝勒的态度，有无叛逃密谋，随时上报，为努尔哈赤制定的“平盗贼，止恶逆”政策服务。三为谕令汉官“公正审断”，以维护后金国的统治。第四是谕劝汉官不要“科索下人”，以免况后再发兵，这原是无可非议的。可是，努尔哈赤却大发雷霆，厉声指责李永芳等汉官“以明帝为长久，以我为短暂”，“心向明国”，蔑视金汗，竟革去他的总兵官职，捕其子来审讯，后虽复官，但也不似过去那样信任和重用了。这样一来，汉官人人疑惧自危，持有二心，不敢直谏，妨碍了努尔哈赤对辽东汉民情形的深入了解和正确处理，影响了满族贵族与辽东汉族地主阶级的联合，加剧了辽东的动乱。
努尔哈赤在天命八年处理八旗贝勒和高级官将的问题上，也做了一些错事。三月，曾为建立后金国驰骋疆场征战三十余年的开国元勋扈尔汉，向养父努尔哈赤上书，承认过失，乞父宽恕，恳求再次起用为国效劳，努尔哈赤却大摆君主威风，再谴其非，不予考虑，使这位叱咤风云威震辽东功勋卓著的总兵官，忧闷病重，九个月后含恨去世，其子浑塔还降级袭职。五月，创制满文、被誉为“一代杰出之人”的大巴克什额尔德尼，仅因细故，夫妇两人被努尔哈赤无辜冤杀，家被抄没。六月，原哈达国主蒙格布禄贝勒之子、努尔哈赤的亲女婿乌尔古岱，因被汉官讦告收其金银，尽管缺乏根据，却遭议处死刑，后虽免斩，仍被革去具体处理军国大政的督堂要职，从总兵官降为备御。努尔哈赤还因此案痛责“爱子”四贝勒皇太极和岳讬、济尔哈朗、德格类三位贝勒。这一重大案件，在八旗贝勒、大臣中引起了强烈的反响。
努尔哈赤晚年犯的这些错误，严重地破坏了辽东生产。这一曾经是“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”，“家给人足，都鄙廪庾皆满，货贿羡斥”的富饶地区，竟弄得人丁锐减，田园荒芜，庐舍残破，百业凋敝，社会混乱，民不宁居，饥荒频仍，物价飞涨，甚至出现了“人相食”的悲惨局面。
明天启五年(天命十年，1625)，努尔哈赤着手进行大举征明的准备工作。正月，闻听明遣兵一万，由海上至旅顺，修葺城堡，屯驻兵士，努尔哈赤命三贝勒莽古尔泰和阿布泰、巴笃礼二总兵官，领兵六千往攻，克城，击败明兵，毁城而还。
三月初三日，努尔哈赤召集八旗贝勒、大臣商议，欲迁都沈阳，诸贝勒、大臣以“恐食用不足，力役繁兴，民不堪苦”为由，乞请不迁。努尔哈赤断然拒绝众议说：“沈阳四通八达之处，西征明国，从都尔弼渡辽河，路直且近。北征蒙古，二、三日可到。南征朝鲜，自清河路可进。”他坚持己见，遂议定迁都沈阳。
天命十一年正月十四日，努尔哈赤率领诸贝勒，亲统八旗劲旅，号称十三万大军，征讨明国，发动了明金(清)之间的第四次大决战。
正月十六日，军抵东昌堡，十七日渡辽河，“于旷野布兵，南至海岸，北越广宁大路，前后络绎，首尾莫测，旌旗剑戟如林”。大军铺天盖地，直向明国杀去。这时，身任兵部尚书、辽东经略要职的阉党党羽高第，胆小怕死，严令从锦州、右屯卫、大凌河、小凌河、杏山、松山、塔山等城撤防，尽驱屯兵居民入关，焚烧房舍，遗弃米粟十余万石，搞得锦州等城兵民“死亡载途，哭声震野，民怨而军益不振”。因此，金兵未遇任何抵抗，“如入无人之境”，二十三日即抵达宁远城郊。宁远只有明兵万余，被金兵重重围困，孤悬关外，与外界的所有联系均已中断，“中外谓宁远必不守”。
努尔哈赤遣被俘汉人入城，谕告城主宁前，袁崇焕说：“吾以二十万众攻此城，破之必矣，尔众官若降，即封以高爵。”遭袁严辞拒绝。正月二十四日，努尔哈赤下令，全军猛烈进攻。袁崇焕率领兵民拼死反抗，“枪炮药罐雷石齐下”，十数门大炮不断燃放，“周而不停，每炮所中，糜烂可数里”，又将被褥裹上火药，卷成一捆捆，投掷城下，发下点燃的火箭，“火星所及，无不糜烂”，击毙烧伤了大量金兵。努尔哈赤连攻两天，未能克城，伤亡惨重，“攻具焚弃，丧失殆尽”，无可奈何，乃遣三等副将武纳格率蒙古兵往攻宁远南十六里明军屯贮粮草的觉华岛，尽杀守兵七千，焚烧粮草千余堆和二千余只船。二十七日，努尔哈赤率军撤围，于二月初九日回到沈阳。著名的宁远之战，以明军的胜利金兵的失败而结束。
努尔哈赤死于天命十一年（公元1626年），终年六十八岁，谥号承天广运圣德神功肇纪立极仁孝睿武端毅钦安弘文定业高皇帝。葬福陵，又称东陵（在今沈阳东北）。